Η πρωτογενής παραγωγή υπόκειται σε σοβαρούς κινδύνους από ανταγωνιστές (έντομα, μύκητες, ζιζάνια, βακτήρια, ιοί), οπότε για την προστασία της απαιτείται η λήψη μέτρων, μεταξύ των οποίων το σπουδαιότερο είναι η χρήση φυτοφαρμάκων. Τουλάχιστον 2500 εµπορικά φυτοφάρµακα που περιέχουν περίπου 700 δραστικές ουσίες κυκλοφορούν σήµερα στη χώρα µας. Οι ουσίες αυτές εκτός από τις επιπτώσεις που έχουν στο οικοσύστημα, επηρεάζουν δυσμενώς την ποιότητα των παραγόμενων προϊόντων, και κατ΄ επέκταση την ασφάλεια και την υγεία του καταναλωτή. Συγκεκριμένα οι καταναλωτές εκτίθενται στα φυτοφάρμακα επειδή μικρές ποσότητες παραμένουν στη συγκομιδή ως υπολείμματα.

Οι ποσότητες υπολειμμάτων που βρίσκονται στα τρόφιμα πρέπει να είναι ασφαλείς για τους καταναλωτές και όσο το δυνατό πιο χαμηλές Το ανώτατο όριο υπολειμμάτων (ΑΟΥ) είναι το μέγιστο δυνατό όριο υπολείμματος φυτοφαρμάκου που είναι νομικά ανεκτό στα τρόφιμα και στις ζωοτροφές. Ο κανονισμός (ΕΚ) αριθ. 396/2005 διέπει περίπου 1100 φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται ή χρησιμοποιούνταν στη γεωργία, τόσο σε χώρες της ΕΕ όσο και σε τρίτες χώρες και παραθέτει πίνακες με ΑΟΥ για 315 γεωργικά προϊόντα καθώς και για μεταποιημένα προϊόντα, όπου λαμβάνονται υπόψη η διάλυση ή η συμπύκνωση των φυτοφαρμάκων κατά τη μεταποίηση. Επίσης, στο νέο κανονισμό έχει ληφθεί υπόψη η ασφάλεια όλων των ομάδων καταναλωτών.

Τα φυτοφάρμακα διαχωρίζονται στις ακόλουθες κατηγορίες: